①缴费标准不同。
②住院报销待遇。
③普通门诊待遇不同。
④参保条件不同。
⑤参保标准不同。
⑥个人账户不同。
⑦就医原则不同
1、缴费标准不同。
一档：是以职工月工资总额的8.2%或7.2%的标准按月缴费，其中个人只需交2%，单位交6.2%或5.2%；
二档：是以深圳市上年度在岗职工月平均工资为基数，缴费比较为0.8%，其中单位交0.6%，个人交0.2%；
三档：也是以深圳市上年度在岗职工平均工资为基数，缴费比例为0.55%，其中单位交0.45%，个人交0.1%。
2、住院报销待遇。
一档和二档：在定点医院发生的医疗费用可按95%或90%报销。三档参保人在不同医院就医报销比例不同，在一级医院就医按85%报销，二级医院按80%报销，三级医院按75%报销；
3、普通门诊待遇不同。
参加一档的参保人，是有医保个人账户的，其账户余额可用于支付医疗费用，在杜康中心发生的费用70%由个人账户支付，30%由统筹基金支付。
参加二档、三档的话则没有医保个人支付。若发生甲类药品、乙类药品，门诊统筹可按80%、60%报销。发生医保目录单项诊疗或医用材料可按90%报销，最高报销额度不超过120元。每年门诊医疗费的支付限额为1000元。
4、参保条件不同
在深圳，医疗保险根据缴费及对应待遇分设一档、二档和三档，每种医保形式分别对应着不同的参保人群：
如果职工是深户，单位应为其参加医保一档;
如果是非深户，可在一、二、三档中任选一种参加。
5、参保标准不同
参加医保一档的，以职工上月工资总额，最高深圳市上年度在岗职工平均工资的3倍(目前为34860元)，最低为深圳市上年度在岗职工平均工资的60%(目前为6972元)按月缴费，其中用人单位缴交6.65%，个人缴交2%。
参加医保二档的，以深圳市上年度在岗职工月平均工资11620元的0.8%(基本医保+地方补充医保)的标准按月缴费，其中用人单位缴纳1.05%，个人缴纳0.2%。
参加医保三档的，以深圳市上年度在岗职工月平均工资11620元的0.55%(基本医保+地方补充医保)的标准按月缴费，其中用人单位缴纳0.9%，个人缴纳0.1%。
6、个人账户不同
医疗保险一档参保后，建立个人账户，所缴纳的钱在账户里可在门诊使用。医疗保险二档及三档则没有建立个人账户，采取门诊统筹的方式看门诊。
①一档参保人：
个人账户积累额超过本市上年度在岗职工平均工资的5%(即139436元×5%=6971.8元)，超过的部分可以到定点药店购买医保目录范围的非处方药;
可以为本人及其已参加本市基本医疗保险的配偶和直系亲属支付其在定点医疗机构就诊时自付的基本医疗费用、地方补充医疗费用;可以为本人及其已参加本市基本医疗保险的配偶和直系亲属的健康体检、预防接种费用。
同时，如果一档参保人连续参保满一年，在同一个医保年度内自付的门诊基本医疗费用和地补医疗费用超时在岗职工平均工资5%的，超过部分由统筹基金按规定支付70%(年满70周岁以上支付80%)。
②二档参保人/三档参保人：无，到药店买药不可刷社保卡。
7、就医原则不同
一档参保人：市内任一定点医疗机构就医。
二档参保人：门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医。
三档参保人：门诊在绑定社康中心就医，住院及门诊大病在规定医疗机构就医。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
